元世祖遺軍入閩，因沿海俱通番邦，於是在福建設置十個萬戶府，其中泉州、福州各駐兩個萬戶府，時海疆綏靖，沿海漁戶移居馬祖列島，其中以鐵板近海處大王宮留下碑記『林酉才喜捨中統鈔二十貫」，證實仁愛村聚落在元代時就形成了，因中統鈔是元代通行的錢幣，這是最直接的證物。

明初，倭寇與方國珍、張土成殘部相互勾結，為禍東南沿海，朱元璋為防範倭寇侵擾，於洪武二十年，因海島難援，棄守焊寨，焊寨是海防武備重鎮，後移至北筊，撤走官兵，盡徙島民於內地。自此上下竿塘遂為禁山，宋元以來開發前功盡棄。據史載，明初凡設寨之海防武備重鎮為提防賊寇皆有煙墩，以具有警示作用。雲臺山又名為煙墩山，疑應早於洪武二十年前就設有煙墩臺，而非清初。

明世宗嘉靖年間倭寇猖獗，先後由戚繼光和俞大猷合力平定倭禍，今馬祖特有光餅，即相傳戚繼光行軍作戰之時吃的乾糧;至萬曆年間，倭患再起，東湧(今稱東引)偵倭官員董伯起遭倭國挾持，萬曆四十五年由倭人頭目明石道友護送回閩，沈有容與明石通友會於小埕，經沈有容勸告，明石道友心悅誠服，不久，東沙(今稱東莒)據報有倭寇盤據，當時總兵沈有容派水軍圍東沙島，並透過明石道友修書一封，頭目姚煙門願意投降，於是生擒六十九人，今東莒老頭山之大埔石刻還雋刻著『萬曆疆梧，大荒落地，臘後狹日，宣城沈君有容，獲生倭六十九名於東沙之山，不傷一卒。閩人董應舉題此」，這事發生於明萬曆四十五年，(西元1566年)。歷史上馬祖列島在防倭戰爭，亦有一番貢獻。

2.歷史價值：已列為國家三級古蹟。

相傳明未清初，鄭成功在福建沿海進行反清活動，亦派義軍駐紮馬祖列島。傳聞有一校尉黃玉琪，曾與村中年輕貌美之杏元姑娘邂逅而一見鍾情，結果珠胎暗結，礙於軍令如山，黃玉琪受軍法制裁，女則投水殉情。之後潭水更加清澈，村民遂以『清水』兩字為地名，不論故事真實與否，鄭軍駐防本地應是被確認。

清世祖為封鎖東南沿海人民資助鄭成功反清勢力，頒布遷界令"離海三十里村社田宅皆焚棄"。於是馬祖列島再度受到重創，徙民、焚屋、廢田，於是馬祖變成一片死寂的荒島，一直到乾隆年間，沿海貧苦漁民為了生計，私自下海潛駐馬祖列島，朝中大臣和地方官吏屢次上奏乾隆皇帝，說明開墾沿海島嶼"以盡地利、以養民生"的重要，乾隆頗為動容，下令諭旨昭告天下，承認遷往海島的合法性，此時馬祖列島聚落成形，北竿鄉橋仔村玄天上帝廟籤板注記乾隆六年，足以資證馬祖列島許多澳口像橋仔一樣已人煙稠密，唯有生計繁榮居民始有能力蓋廟。

嘉慶年間，馬祖列島一度成為蔡牽、朱浥等汪洋大盜出沒之地，肆虐長達十四年之久，沿海漁民視閩海為畏途，生機中斷，後蔡牽被提督王得祿、邱良功合力殲滅於漁山外洋，蔡牽時期遺留於馬祖列島的蹤跡，如：媽祖信仰引進，現今津沙天后有塊嚴重風化的重建石碑，依然可辦識:「后德媽祖，天上聖母自○○○火災重建完………」落款時間為道光乙巳年(道光二十五年)，可見該廟肇造於嘉慶年間自當毫無疑問，東引黎麥大王的傳說亦源自蔡牽時期。

道光二十二年清廷因鴉片戰爭失利，強迫開放五口通商，福州便是其中之一，閩海頓時成為洋船航線要衝，由於閩江口遼闊，島礁星羅棋布，除易生誤判以致船向偏差外，霧季期亦多一層危險，於是在同治十一年(西元1872年)建造東犬(今東莒島福正村)燈塔壹座。至於東湧(今東引鄉)燈塔的肇建，起因於東引位列三都澳外洋，三都澳是福建重要產茶外銷區，於是在光緒二十八年(西元1902年)肇建至光緒三十年完工啟用。這兩座燈塔導引閩海航標，亦見證這時馬祖列島受福州、三都澳開埠影響，因國際貿易之利，島民開始接受洋貨，甚至民居建築型式也刮起洋樓風味，各澳口聚落和族群開發大致底定。

馬祖地區聚落的形成，大致底定於清道光以後。然而那時期閩東的廟宇建築形式足以反應聚落的歷史，如大埔的白馬尊王廟、大坪的福德宮、福正的白馬尊王廟、青帆的陳將軍廟、復興村的牛蜂境廟、珠螺的玄天上帝廟、橋仔的五靈公廟、芹壁的天后宮和五靈公廟、塘岐的蕭王府廟、后澳的楊公八使廟。

民國肇與內地戰禍連年，賦稅繇役繁重，馬祖列島孤懸海上，反而相對安定，沿海漁民視為海上淨土，民國二十三年政府派員在北竿塘岐鹽倉成立『竿塘聯保辦公處』，東引則編入西洋山聯保組織，海上治安綏靖，漁汛來時千帆穿梭島際洋面，但是好景不常，抗戰軍興國府撤至重慶，馬祖列島附近鼎立三股海上勢力，皆號稱和平救國軍，受日軍扶植，其中林義和以南北竿為勢力範圈，過往船隻只要納繳『免劫票』則可安全通過閩海，林義和勢力盛時在四維擁有兵工廠，亦招募私人武裝部隊，其在四維住宅和仁愛村一口水井，都是這時起造的，不久駐白犬的林震引進張逸舟勢力與日軍合謀誘捕林義和，並將之溺斃竿塘洋中。張逸舟仙遊人，曾在民國三十二年重修天后宮，這塊石碑紀錄媽祖事跡和捐款者。抗戰勝利後張逸舟勢力亦隨之瓦解。

國共內戰，民國三十八年，福州綏靖公署派王調勳為海上保安第一縱隊司令，這支反共游擊隊正式在川石島組成，總部設在西犬，今青帆村山海一家即總部所在地，這支海上突擊隊曾奉命掩護國軍撤離馬尾琯頭後，轉進西莒，另派一支兵力駐防東引島，民國四十四年編入國軍正規部隊，號稱"反共救國軍"，自民國三十八年至四十六年冬曾突擊大陸沿海一百五十次之多，而且配合南日島、湄州島、東山島等三次突擊戰役，均建奇功。

民國三十九年十二月福建省政府於復興村163號徵調民宅作為「馬祖行政公署」辦公處，掌理馬祖列島政務，四十二年改制為「閩東北行署」，四十四年又改制為「福建省第一行政督導專員公署」，一直到四十五年撤銷，並成立「馬祖戰地政務委員會」於雲台山麓。連江縣政府原設置於仁愛村馬祖日報現址至六十七年遷至介壽村，為貫徹軍政令一元化，縣長是由國防部核派政委會委員兼任，縣政必需受「馬祖戰地政務委員會」指揮和監督，自此馬祖居民必須忍受諸多生活上管制，例如:居住、言論……等自由，馬祖居民必須為兩岸軍事對峙時期為台灣同胞犧牲重大人權，隨著兩岸關係和緩，民國八十一年十一月七日終止戰地政務，始還政於民，居民開始享有地方自冶的權利，如:選舉縣長、民意代表……等，各項地方建設亦大步邁進。

民國三十八年大陸淪陷後，國軍逐次轉駐馬祖列島，馬祖便成為防衛台灣第一線，兩岸之間隨國際關係進入冷戰時期，國軍與中共軍隊在馬祖海面和空中發生不少零星戰鬥，政府為加強在馬祖的防衛，於民國四十五年五月將馬祖守備指揮部改組為馬祖防衛司令部，因為戰爭工事轉入地下化需要，北海坑道就在這樣背景下開鑿，而且美軍顧問、以及西方公司(美國情治單位)亦進駐馬祖協防。民國四十七年後至六十七年國共間達成單打雙不打的砲擊默契，炮火之下較年長的居民皆有共同記憶，即每值晚間單號日，警覺該躲防空洞的時候了。